Las pupusas fueron creadas hace siglos por las tribus pipiles que habitaban el territorio que hoy se conoce como El Salvador, sitio de una aldea nativa que fue enterrada por las cenizas de la explosión de un volcán, y donde los alimentos se conservaron tal y como se cocinaban hace casi 2000 años.
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Pupusas, una ricura culinaria con destino internacional

Los instrumentos para su preparación también se han encontrado en otros sitios arqueológicos de El Salvador. A fines del decenio de 1940, las pupusas todavía no estaban muy difundidas en todo El Salvador, y se localizaban principalmente en las ciudades centrales, como Quezaltepeque, y en ciudades del país.

A medida que la población comenzó a migrar a otras zonas en el decenio de 1960, proliferaron las gradas de pupusas en todo el país y en las zonas vecinas de Honduras y Guatemala, a veces con variaciones en la forma, el tamaño o el relleno.

En Guatemala, durante los años 70, las pupusas tenían forma de media luna. La forma de media luna se consideraba una pupusa medio devorada en la zona de Chalatenango; las pupusas de pescado eran poco comunes y las pupusas que servían al este del río Lempa solían tener un diámetro mucho mayor.

En el decenio de 1980, la guerra civil salvadoreña, y centroamericana, posteriormente, obligó a una migración a otros países, principalmente a los Estados Unidos. Por lo tanto, las pupusas se hicieron disponibles fuera del país dondequiera que se encontrara una comunidad salvadoreña y guatemalteca. Los inmigrantes han llevado el plato a la mayoría de las zonas de los Estados Unidos. También se pueden encontrar pupuserías en muchas zonas del Canadá. En los últimos años, las pupusas pueden incluso que se encuentran en algunos restaurantes latinoamericanos en Adelaida, Melbourne y Sydney en Australia.