El origen del pepián se remonta en la época precolombina específicamente en la etnia maya-kaqchiquel, que esta ubicada en el departamento de Chimaltenango. Este producto fue cambiando, adaptando los ingredientes y se convirtió en Guatemala en uno de los protagonistas  de las celebraciones más importantes del país.
 
El pepián además de ser un plato tradicional, también es un plato referencial de muchas ocasiones y es que en la época prehispánica el pepián era servido en ceremonias y rituales. Hoy en dia se ha continuado con esta tradición y se ha mantenido el pepián como plato principal en las ceremonias guatemaltecas.
 
Se dice que el pepián en su forma más original mezcla pepitoria, chile guaque, la pasa, la canela, cáscara de plátano y tomates y más adelante se fueron incluyendo especies, que se fueron adoptando en el pais como la cebolla, el ajo, el ajonjolí, la canela y el cilantro.
El pepián en Guatemala lo suelen servir en un platón hondo de barro o de vidrio y se suele acompañar con arroz y chayotes, judías, papa y zanahoria, esto puede variar dependiendo de la zona de Guatemala. 
 
En el año 2007 el Ministerio de Cultura y deportes declara el pepián como Patrimonio Cultural Intangible de la Nación. Es un plato que las abuelas guatemaltecas han conservado su receta original y se ha convertido en un plato popular, que es el primero que los turistas cuando visitan el país centroamericano desean probar.